De Congregatie van de Heilige Harten van Jezus en Maria wordt in 1800 gesticht door pater Marie-Joseph Coudrin en moeder Henriette Aymer de la Chevalerie. De zetel van de congregatie bevindt zich aanvankelijk in de Rue de Picpus in Parijs, hetgeen de alternatieve naam voor de congregatie verklaart: paters en zusters van Picpus.

Als reactie op de anti-clericale maatregelen van de Franse regering vestigen enkele Franse zusters zich in mei 1903 in het Nederlandse Meerssen. In oktober 1903 vieren 21 leden van de congregatie voor het eerst de eucharistie in Klooster Tussen de Bruggen in Meerssen. Zij leven en werken met de Heilig Hartverering als richtsnoer.

Te Meerssen wordt door de Zusters van de HH. Harten een bewaarschool geopend. Verder worden er kostdames in huis genomen. Daarnaast wassen en herstellen de zusters liturgische gewaden. Ook beginnen ze met een hostiebakkerij. In 1905 stichten de zusters een tweede communiteit te Zevenbergen. Deze communiteit, Huize Sancta Clara geheten, blijft bestaan tot 1924. Andere Nederlandse vestigingsplaatsen van de zusters zijn Bavel (1990-2003), Eindhoven (1978-2008), 's-Hertogenbosch (1952-2002) en Nuland (2006-heden). Sinds 1965 werkt een aantal zusters in Brazilië, niet alleen in het onderwijs maar ook in de kinderopvang en ziekenzorg.

Tussen 1903 en 1940 wordt er door de Zusters van de HH. Harten in Nederland vastgehouden aan de Franse taal en tradities. Dit leidt ertoe dat het aantal Nederlandse intredingen laag blijft in vergelijking met andere zustercongregaties in Limburg: slechts 24 Nederlandse meisjes worden lid van de congregatie. Zij gaan naar Parijs om daar hun noviciaat te doorlopen.

In de periode 1940-1955 maakt de congregatie ingrijpende ontwikkelingen door. Allereerst wordt er in 1942 te Meerssen een Nederlands noviciaat opgericht. Hierdoor neemt het aantal Nederlandse zusters een hoge vlucht. Er treden in de decennia direct na de Tweede Wereldoorlog ongeveer 45 Nederlandse meisjes in. Zuster Adriana Meijers is de laatste in 1962. Ten tweede bouwen de zusters een groot klooster te Meerssen. In 1952 vindt de plechtige opening van De Damiaanberg plaats. De nieuwbouw verbetert de dagelijkse leefomstandigheden aanzienlijk.

Verder verandert de bestuursstructuur van de congregatie. In 1949 worden er in de congregatie provincies opgericht. Tot die tijd vielen de huisoversten direct onder de generale overste. Nederland wordt in 1949 ingedeeld bij de Belgische provincie en bestuurd vanuit het Belgische Tongeren. Pas in 1968 werd er een zelfstandige Nederlandse provincie opgericht. Doordat het provincialaat te 's-Hertogenbosch wordt ondergebracht, verschuift het bestuurlijke zwaartepunt meer naar het noorden. De Nederlandse provinciale oversten zijn achtereenvolgens Riet van Oitschot, Ann de Veth, Corry Brouwers en Jeanne Zonnenberg.

Sinds 2006 zetelt het provincialaat in Nuland. Vanaf 2000 wordt er in de congregatie geëxperimenteerd met nieuwe organisatiestructuren zoals sectoren, conferenties, delegaties en takken. Daarnaast is er ook een experiment met een lekentak met geassocieerde leden van buiten de congregatie. Deze experimenten hebben anno 2016 nog geleid tot een wijziging van de de constituties.

Tot 1954 volgen de zusters de kloosterregel van 1825. De regel wordt pas na 129 jaar vervangen door een nieuwe kloosterregel. Na 1954 verdwijnt geleidelijk het onderscheid tussen lekenzusters en koorzusters. Bovendien wordt het habijt vereenvoudigd. Dit zijn de eerste tekenen van religieuze transformaties die uiteindelijk uitmonden in het vernieuwingskapittel van 1968.

Sinds 1974 biedt het klooster van de Zusters van de HH. Harten te Meerssen onderdak aan een bejaardentehuis: Bejaardenoord Damiaanberg. Damiaanberg valt onder de bestuurlijke verantwoordelijkheid van een gelijknamige stichting. In 1986 fuseert Stichting Damiaanberg met Stichting Bejaardenzorg Meerssen. Deze fusie heeft tot gevolg dat de laatste zusters het klooster in 1992 verlaten en verhuizen naar Bavel. Samen met de Paters van de Heilige Harten wordt in Bavel de zorg voor de bejaarde kloosterlingen verricht door de stichting Nieuwe Erven. In 2006 verhuizen alle zusters naar het kloosterverzorgingshuis Sint Jozefoord in Nuland.

Pater Cor Rademaker sscc schrijft ter gelegenheid van 100 jaar zusters Heilige Harten in Nederland in 2003 een boek over de geschiedenis van de zusters in Nederland: C. Rademaker sscc, "Honderd jaar stille dienstbaarheid. Zusters van de Heilige Harten in Nederland, 1903-2003" (Nuland 2003), zie inventarisnummer 574.

Anno 2003 is het ledental van de congregatie weer nagenoeg gelijk aan dat van het begin: 23.