In 1207 wordt melding gemaakt van de “ecclesia beate Marie in Rune et Selwert”. Hieruit is af te leiden dat er toen in Selwerd, dat ten noorden van de stad Groningen lag, al religieuzen geweest moeten zijn. Verder is er een oorkonde van paus Julius II uit 1507, waarin gezegd wordt dat de abdij “vóór 292 jaar” de kerk van Dorkwerd gekregen had door toedoen van de eigenaar, subdiaken Hildebrand, en dat Otto I, die van 1204 tot 1218 bisschop van Munster was, deze schenking, die in 1215 plaats zou hebben gehad, had goedgekeurd. In dat jaar moet het klooster, dat als een benedictijns dubbelklooster door de Groningse priester Theodericus gesticht is, al bestaan hebben. Een vroegere oorsprong, alsmede het voortkomen uit het klooster Ruinen, behoren evenwel tot de mogelijkheden, maar zijn niet afdoende te bewijzen. In 1469 trad het aan de heilige Catharina van Alexandrië toegewijde klooster Selwerd toe tot de congregatie van Bursfeld, die een streng contemplatief leven voorstond. Het klooster werd toen nog slechts door vrouwelijke religieuzen bewoond, aangezien de abt en zijn monniken binnen de muren van het kloostercomplex een afzonderlijke woning hadden betrokken. In 1485 kwam de bisschopshof te Baflo in eigendom van het klooster. In 1568 werd het klooster door de Geuzen ingenomen. Een deel van de jonge nonnen werd door hen meegenomen. De overgebleven zusters werden op alimentatie gesteld. Om dat te kunnen bekostigen werden het refugiehuis in de Botteringestraat en dat in de Oude Ebbingestraat te Groningen, alsmede de bosschopshof te Baflo verkocht. In 1581 werd klooster Selwerd door de Staatse troepen, die Groningen wilden belegeren, verwoest. Behoudens de boerenbehuizing, die het Grootklooster genoemd werd, werden in 1585 de kloostergebouwen door de Groningers afgebroken en werden de stenen verkocht. Selwerd nam met 1600 ha. de zevende plaats in onder de Groninger kloosters en was daarmee het grootste van de benedictijner kloosters Feldwerd, Rottum, Selwerd en Thesinge