Het karmelietenklooster in Utrecht werd in 1468 gesticht vanuit de karmel te Haarlem, die hiertoe in 1465 pauselijke toestemming gekregen had. Ook het convent van Mechelen heeft een rol gespeeld, evenals Goswinus Hex, die later wijbisschop van Utrecht werd, en hervormer Johannes de Olatea, die eerder prior van Mechelen was. Tijdens het provinciaal kapittel, dat in 1469 te Keulen werd gehouden, werd het Utrechtse convent in de Nederduitse provincie opgenomen. Het klooster verrees aan de Lange Nieuwstraat op de plaats van het Sint-Aegtengasthuis, dat de raad van Utrecht in 1468 aan de karmelieten schonk om er een klooster te stichten. In 1477 werd voor de gewesten Holland, Zeeland en Friesland het Utrechtse convent aangewezen als studiehuis van de orde. In 1485 kreeg prior Petrus Nijperzeel van het provinciaal kapittel de opdracht de kloostertucht te herstellen, die geleden had van de oorlogen, die eind 15e eeuw het sticht Utrecht teisterden. In 1529, kregen de johannieters de door de karmelieten vanwege geldgebrek nog niet voltooide kerk en klooster toegewezen. Dit doordat keizer Karel V op de plek van het Catharinagasthuis, waar de johannieters sinds de 12e eeuw gevestigd waren, zijn kasteel Vredenburg liet bouwen. De johannieters voltooiden de kerk en bouwden het complex verder uit, dat sedertdien Catharijneconvent heette. De karmelieten bouwden een nieuw klooster aan de noordzijde van de Nicolaïkerk, op het huidige kerkhof. De financiële situatie van het convent, dat maar weinig onroerende goederen bezat, verslechterde in de loop van de 16e eeuw ernstig. Toen de kerk in 1579 geplunderd werd en er in 1580 op de uitoefening van de rooms-katholieke godsdienst een verbod kwam, was dat waarschijnlijk voor de meeste karmelieten reden de stad te verlaten. De kerk en het klooster werden geleidelijk aan door de stad geannexeerd. Een poging om in 1672, tijdens de Franse bezetting van Utrecht, de karmel nieuw leven in te blazen, draaide op niets uit