Via de zoekfunctie hiernaast vindt u bijna 30.000 titels van boeken en tijdschriften. Een deel daarvan staat in de studiezaal van het Erfgoedcentrum. Andere worden bewaard in het depot en kunnen ter plekke worden aangevraagd. De bibliotheek heeft twee onderdelen:
Handig om te weten: publicaties die bij binnenkomst in de archieven zijn opgenomen, blijven dikwijls in die archieven bewaard en vindt u in de archiefinventarissen. Daarbij gaat het dikwijls om de tijdschriften die door een kloostergemeenschap werden uitgegeven en om boeken die door de kloosterlingen werden geschreven.
De bibliotheek van Klooster Sint Agatha is de enige in Nederland die sinds de middeleeuwen per plekke is gebleven. Daarom valt de hele collectie tot 1800 onder de Wet Beschermd Cultuurbezit: ca. 80 middeleeuwse handschriften, 150 incunabelen en 6.000 drukwerken.
De bibliotheek wordt voorzien van trefwoorden, allereerst de boeken die over kloosterleven gaan. Dit is een project in uitvoering; nog niet alle boeken hebben trefwoorden.